Para poder abrir Atom desde la consola o terminal el editor Atom que ofrece GitHub se debe hacer los siguiente.

Ingrese a la carpeta /usr/local/bin si no existe creela

cd /usr/local/bin

Ubicado en esta carpeta se debe digitar el siguiente comando.

sudo ln -s "/Applications/Atom.app/Contents/MacOS/Atom" atom

Eso es todo. Ya puedes abrir Atom desde la consola usando el comando atom